Испания, 1944 год. В густых лесах Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистского режима. Десятилетняя Офелия, мечтательная и одинокая девочка, прибывает с беременной матерью Кармен в военный лагерь, где командует её отчим — капитан Видаль. Жестокий офицер армии Франко, он безжалостно преследует повстанцев, стремясь очистить регион любыми средствами. В этом суровом мире Офелия находит утешение в сказках и волшебных историях.
Однажды она обнаруживает поблизости древний заброшенный лабиринт. Там её встречает фея, которая приводит девочку к самому сердцу лабиринта. В подземном царстве Офелия знакомится с Фавном, хранителем этих мест. Существо открывает ей тайну: Офелия — пропавшая принцесса волшебного королевства, которую ищут уже много столетий. Чтобы вернуться домой к своему отцу-королю, она должна выполнить три испытания до полнолуния, сохраняя их в строжайшей тайне ото всех.